Între 1911-1915 a fost elev al Liceului National, iar dupa absolvire s-a înscris la Facultatea de stiinte, sectia chimie, din cadrul Universitatii din Iasi. Între anii 1923-1948, pe lânga munca de la catedra de chime a Facultatii de stiinte, a predat chimie la o serie de licee din Iasi, printre care si Liceul National. Eugen Papafil a început munca de cercetare stiintifica, luând în studiu problemele de echilibru referitoare la solubilitatea în cazul sistemului fenol-apa-saruri.